Año 2356: han pasado 189 años desde que una supernova acabase con el 99% de la población mundial. Para evitar cualquier futuro riesgo proveniente del espacio, la humanidad ha construido una serie de estaciones espaciales.La joven Shima Katase, que siempre ha soñado con ver la galaxia y salvar a su planeta de una nueva catástrofe, supera las pruebas de la Academia Espacial, con lo que es destinada a la estación espacial de Stellvia.